I årene før 1972 talte man i Luthersk Missionsforening meget om at oprette en friskole i Hillerød. Årsagen var, at kristendomsunderisningen i folkeskolen i disse år ændrede sig – dels kom den til at spille en stadig mindre rolle, dels var den ikke længere en oplæring i kristen tro, men snarere en undervisning i kristendommens rolle i det danske samfund.
Det var dog den obligatoriske integrerede seksualundervisning, der blev den konkrete anledning til, at Johannesskolen blev oprettet. Den etik, der lå til grund for folkeskolens undervisning i dette emne, stemte ikke overens med en kristen forståelse af seksualitet og ægteskab.
I august 1972 begyndte skolen med 32 elever. Den havde til huse i missionshuset Bethania i Helsingørsgade. Allerede efter det første år stod det klart, at pladsen i missionshuset var alt for trang, og man lejede i stedet lokaler på Nordre Banevejens Skole. Efter tre år her var skolen vokset til 132 elever.
Der havde allerede i flere år været indsamlinger til opførelse af egne bygninger til skolen, og for at få midlerne til at slå til blev langt den største del af byggeriet udført af frivillig arbejdskraft. Alt byggeri siden – bortset fra det sidste byggeri af sportshal – er for en væsentlig del opført af frivillige. Den 30. april 1976 gik skolens lærere og elever med skolens fane i spidsen fra Nordre Banevejens skole til de nye bygninger på Fredensborgvej, senere Ansgarvej, der havde ti lokaler.
I 1975 holdtes den første julestue med et overskud på 41.000 kr. Der var loppemarked, boder med håndarbejder, juledekorationer og alt muligt spiseligt, og salg af lodsedler. Alt, hvad der solgtes, var sponsoreret. En stor del af midlerne til opførelse af nye bygninger gennem årene er kommet til veje gennem disse julestuer, der har været holdt hvert andet år siden og stadig drives af frivillige.
I de forløbne år er skolen jævnligt blevet udbygget, og i dag råder Johannesskolen over alle de faciliteter, der er nødvendige for en tidssvarende skoledrift og SFO.
