Johannesskolen baserer ikke sin undervisning på bestemte pædagogiske metoder. Både lærere og klasser er forskellige, og vi giver lærerne frihed til at benytte sig af den undervisningsform, de finder bedst i den givne situation. Det kan være gruppearbejde, tværfaglige projekter, fortælling – alt sammen tilpasset emnerne og de enkelte klasser.